Заселение территории района русскими началось в середине XVII века: в 1665 году основана слобода Белозерская, около 1670 года — село Чимеевское и деревня Бочанцева, около 1675 года — деревня Корюкина, в 1680 году — слободы Иковская и Усть-Суерская, около 1685 года — села Речкино, Памятинское (Памятное) и Меньшиково (Нижнетобольное), деревни Заозёрная, Петухово, Пухова (Гагарье), Редькина, в 1688 году — слобода Тебенякская, около 1690 года — село Карачтинское (Боровское), деревня Слободчикова.
До 1923 года территория района находилась в составе Белозерской, Иковской, Мендерской, Усть-Суерской волостей, а также частично в составе Тебенякской и Шмаковской волостей Курганского уезда.
1923—1963 гг.
На основании постановлений ВЦИК от 3 ноября и 12 ноября 1923 года в составе Курганского округа Уральской области образован Белозерский район с центром в с. Белозерском. В его состав вошло 27 сельсоветов: Ачикульский, Баитовский, Белозерский, Боровлянский, Боровской, Большезаполойский, Большезарослинский, Вагинский, Иковский, Доможировский, Зюзинский, Кошкинский, Куликовский, Лихачевский, Менщиковский, Мендерский, Памятинский, Першинский, Речкинский, Рычковский, Скатинский, Скопинский, Слободчиковский, Стенниковский, Тебенякский, Тюменцевский, Усть-Суерский.
Постановлением Президиума Уралоблисполкома от 31 декабря 1925 года из Марайского района переданы Петуховский и Романовский сельсоветы, образован Шмаковский сельсовет.
Постановлением Президиума Уралоблисполкома от 15 сентября 1926 года Большезаполойский сельсовет переименован в Заполойский, Большезарослинский сельсовет переименован в Зарослинский.
Постановлением Президиума Курганского окрисполкома от 4 сентября 1928 года Баитовский сельсовет переименован в Диановский.
Постановлением ВЦИК от 1 января 1932 года в район переданы Долговский, Камаганский, Козловский, Лебяжьевский, Могилевский 1-й, Могилевский 2-й, Пьянковский, Чимеевский сельсоветы упразднённого Чашинского района, Шастовский и Шмаковский сельсоветы упразднённого Марайского района.
В 1932-34 гг. Долговский сельсовет был переименован в Белоусовский.
Постановлением ВЦИК от 17 января 1934 года вошёл в состав вновь образованной Челябинской области.
Постановлением ВЦИК от 20 декабря 1934 года Могилевский 1-й сельсовет передан в Каргапольский район.
Постановлением ВЦИК от 18 января 1935 года Шастовский и Шмаковский сельсоветы переданы в состав вновь образованного Мостовского район, Белоусовский, Зарослинский, Камаганский, Козловский, Лебяжьевский, Мендерский, Могилевский 2-й, Пьянковский, Чимеевский сельсоветы переданы в состав вновь образованного Чашинского района.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 6 февраля 1943 года район включён в состав Курганской области.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 14 июня 1954 года упразднены Ачикульский, Диановский, Доможировский, Заполойский, Зюзинский, Иковский, Куликовский, Лихачёвский, Петуховский, Рычковский, Стенниковский, Тебенякский, Тюменцевский, Усть-Суерский сельсоветы.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 1 февраля 1963 года Белозерский район упразднён, его территория вошла в состав укрупнённых Варгашинского и Каргапольского сельских районов.
С 1965 года
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 12 января 1965 года образован Белозерский район в составе Курганской области с центром в с. Белозерском. В его состав вошло 15 сельсоветов: Белозерский, Боровлянский, Боровской, Вагинский, Камаганский, Кошкинский, Нижнетобольный, Памятинский, Першинский, Полевской, Пьянковский, Романовский, Скатинский, Скопинский, Слободчиковский, Чимеевский.
Решением Курганского облисполкома от 14 декабря 1971 года образован Баяракский сельсовет, Полевской сельсовет переименован в Светлодольский.
Решением Курганского облисполкома от 22 декабря 1972 года Слободчиковский сельсовет переименован в Зюзинский, Кошкинский сельсовет переименован в Рычковский.
Решением Курганского облисполкома от 29 марта 1973 года Романовский сельсовет переименован в Новодостоваловский.
Решением Курганского облисполкома от 19 декабря 1973 года образован Речкинский сельсовет.
Решением Курганского облисполкома от 18 марта 1975 года Чимеевский сельсовет переименован в Ягодинский.
Решением Курганского облисполкома от 11 октября 1985 года образован Зарослинский сельсовет.
Законом Курганской области от 30 мая 2018 года упразднён Зюзинский сельсовет.
Законом Курганской области от 29 декабря 2021 года № 172 в районе упразднены все сельсоветы, муниципальный район и входившие в его состав сельские поселения были преобразованы к 9 января 2022 года в муниципальный округ.